VCCI kiến nghị Thủ tướng gỡ vướng thuế giá trị gia tăng cho doanh nghiệp nông nghiệp
Theo VCCI, việc áp thuế giá trị gia tăng 5% đối với cà phê, tiêu, điều, tôm, cá bị cho là chưa phù hợp. Lý do vì nhóm hàng này chủ yếu chỉ qua sơ chế như bóc vỏ, phơi, sấy, không làm phát sinh giá trị gia tăng thực chất.
Liên đoàn Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI) vừa có văn bản gửi Thủ tướng Chính phủ, phản ánh nhiều vướng mắc về chính sách thuế giá trị gia tăng (GTGT) đang ảnh hưởng nghiêm trọng đến doanh nghiệp ngành nông nghiệp.
Theo VCCI, sau hơn ba tháng thực thi chính sách, các hiệp hội ngành hàng chủ lực đã phản ánh nhiều vướng mắc lớn. Các ngành này bao gồm thủy sản, chăn nuôi, lương thực thực phẩm, cà phê, hồ tiêu, gỗ và lâm sản.
Những vướng mắc này đang ảnh hưởng nghiêm trọng đến dòng tiền, năng lực cạnh tranh của doanh nghiệp. Chúng cũng tác động đến khả năng duy trì chuỗi cung ứng và thị phần xuất khẩu của nông sản Việt Nam.
Nhiều doanh nghiệp phải ứng hàng nghìn tỉ đồng tiền thuế
VCCI cho biết, theo quy định, các sản phẩm "chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường" bị áp thuế suất 5%.
Tuy nhiên, các sản phẩm nông nghiệp như cà phê, tiêu, điều, tôm, cá… chủ yếu chỉ qua các công đoạn sơ chế như bóc vỏ, phơi, sấy. Các công đoạn này không làm phát sinh giá trị gia tăng thực chất. Việc áp thuế GTGT 5% cho nhóm hàng này bị cho là chưa phù hợp.
Đặc biệt, cơ chế thu trước - hoàn sau đang khiến các doanh nghiệp phải ứng trước một lượng vốn rất lớn. Trong khi đó, lợi nhuận biên của họ rất thấp, chỉ từ 1%-3%.
Ví dụ, ngành cà phê phải tạm nộp gần 10.000 tỉ đồng thuế GTGT mỗi năm. Ngành hồ tiêu phải ứng trước tới 85 triệu USD. Điều này gây áp lực tài chính nghiêm trọng, làm tăng giá thành xuất khẩu. Hàng Việt Nam cũng mất lợi thế cạnh tranh so với các nước như Brazil, Indonesia, Ấn Độ.
Cũng theo VCCI, hiện nay phần lớn nguyên liệu đầu vào trong ngành nông nghiệp đến từ các hộ nông dân nhỏ lẻ. Những người này không có chức năng phát hành hóa đơn GTGT.
Điều này gây khó khăn cho doanh nghiệp trong việc chứng minh nguồn gốc hợp lệ để được khấu trừ hoặc hoàn thuế. Yêu cầu truy xuất nguồn gốc đến từng hộ dân là không khả thi.
Bên cạnh đó, các doanh nghiệp xuất khẩu qua sàn thương mại điện tử như Amazon, Alibaba… cũng gặp khó trong việc hoàn thuế. Lý do là họ thiếu hợp đồng và chứng từ theo mẫu truyền thống.
Việc chưa cho phép sử dụng dữ liệu số khiến nhiều doanh nghiệp không thể hoàn thuế dù đã xuất khẩu hợp pháp.
Đặc biệt, nhiều doanh nghiệp xuất khẩu đang bị vạ lây do nhà cung cấp gian lận hóa đơn hoặc chưa nộp thuế. Một số trường hợp dù đã thanh toán đầy đủ, có chứng từ hợp pháp nhưng vẫn bị truy thu hoặc từ chối hoàn thuế.
Tình trạng này ảnh hưởng nghiêm trọng tới uy tín quốc tế của doanh nghiệp Việt Nam. Đặc biệt trong bối cảnh các thị trường như EU yêu cầu minh bạch chuỗi cung ứng.

Cà phê, tôm...áp thuế giá trị gia tăng 5% là chưa phù hợp. Ảnh minh họa
VCCI đề xuất 6 giải pháp tháo gỡ cấp bách
Để kịp thời tháo gỡ khó khăn, hỗ trợ sản xuất, VCCI đề xuất Thủ tướng Chính phủ một số giải pháp. Các giải pháp này nhằm thúc đẩy xuất khẩu nông sản và ổn định chuỗi cung ứng trong nước.
Thứ nhất, khẩn trương rà soát, sửa đổi quy định liên quan đến phạm vi chịu thuế GTGT. Đối tượng là các sản phẩm nông, lâm, thủy sản chưa qua chế biến hoặc chỉ sơ chế thông thường.
VCCI đề nghị xem xét khôi phục quy định không phải kê khai, tính thuế cho nhóm sản phẩm này. Quy định này từng được áp dụng tại Nghị định 209/2013/NĐ-CP.
Đồng thời, giao Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn chủ trì, ban hành danh mục cụ thể các sản phẩm sơ chế thông thường.
Thứ hai, điều chỉnh quy định về điều kiện hoàn thuế. Cần loại bỏ yêu cầu doanh nghiệp chỉ được hoàn thuế khi nhà cung cấp đã kê khai, nộp thuế.
Đây là một điều kiện không hợp lý, dẫn đến tình trạng doanh nghiệp bị từ chối hoàn thuế do lỗi của bên thứ ba.
Thứ ba, sớm ban hành hướng dẫn pháp lý đặc thù cho giao dịch giữa doanh nghiệp và hộ nông dân. VCCI đề nghị cho phép doanh nghiệp sử dụng bảng kê mua hàng không hóa đơn theo mẫu quy định tại Thông tư 78/2021/TT-BTC. Đây sẽ là chứng từ thay thế để khấu trừ và hoàn thuế.
Đồng thời, cần có hướng dẫn rõ ràng về các trường hợp miễn thuế GTGT đối với hộ nông dân nhỏ lẻ. Điều này đảm bảo không tạo ra rào cản hành chính, gây khó khăn cho quá trình thu mua nguyên liệu trong nước.
Thứ tư, xây dựng cơ chế pháp lý phù hợp để hỗ trợ doanh nghiệp xuất khẩu qua các sàn thương mại điện tử. Các sàn này như Amazon, Alibaba... cần được hỗ trợ thực hiện thủ tục hoàn thuế.
VCCI kiến nghị Chính phủ chỉ đạo Bộ Tài chính nghiên cứu, ban hành quy định. Quy định này cho phép sử dụng chứng từ điện tử, dữ liệu giao dịch số làm căn cứ xác minh trong hoàn thuế xuất khẩu.
Thứ năm, rà soát lại hệ thống xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế theo hướng phân loại mức độ vi phạm. Cần áp dụng hình thức xử lý hợp lý, nhân văn, đặc biệt với doanh nghiệp nhỏ và siêu nhỏ.
Thứ sáu, với mức xử phạt hiện nay từ 5 đến 8 triệu đồng cho các sai sót mang tính kỹ thuật là quá cao. Các sai sót này như chậm kê khai, sai mã hợp đồng, tạo áp lực không đáng có.
Theo đó, cơ quan này kiến nghị áp dụng cơ chế khoan hồng đối với vi phạm lần đầu. Cần miễn phạt đối với sai sót nhỏ dưới 50.000 đồng nhằm khuyến khích tinh thần tuân thủ tự nguyện.
VCCI kính mong Thủ tướng Chính phủ quan tâm xem xét, chỉ đạo các bộ, ngành liên quan tiếp thu. Từ đó, sớm ban hành các giải pháp điều chỉnh phù hợp, kịp thời. Điều này góp phần tháo gỡ khó khăn cho doanh nghiệp ngành nông nghiệp, bảo đảm mục tiêu phát triển bền vững.
Đặc biệt, quy định mới tại Luật Thuế GTGT 2024 yêu cầu bên bán phải kê khai và nộp thuế thì doanh nghiệp mới được hoàn thuế.
Quy định này là bất hợp lý vì chuyển giao trách nhiệm của bên bán sang bên mua, người đã hoàn thành đầy đủ nghĩa vụ thuế.
Ngoài ra, quy định khống chế mức hoàn thuế không vượt quá 10% doanh thu xuất khẩu trong kỳ là không phù hợp.
Với đặc thù mùa vụ của ngành nông nghiệp, doanh nghiệp thường thu mua tập trung đầu vụ nhưng xuất khẩu dàn trải trong nhiều tháng.
Điều này khiến phần lớn thuế đầu vào không được hoàn đủ, ảnh hưởng đến tính thanh khoản và khả năng thu mua nguyên liệu từ nông dân.