Khoảng 15h ngày 6/9, Hà Nội đã xuất hiên mưa lớn trên diện rộng kèm gió giật mạnh trước khi siêu bão Yagi đổ bộ. Mưa chỉ kéo dài hơn 30 phút nhưng lại gây ra thiệt hại rất lớn, nhiều cây to gãy đổ, một số tuyến đường ngập úng. Hà Nội còn ghi nhận 1 trường hợp tử vong do cây đổ trúng người. Trên phố Hàng Cá, Quận Hoàn Kiếm một cây cổ thụ bên trong ngôi Đình cổ bật gốc xô đổ bức tường phía trước Đình, rất may không có thiệt hại về người.