Một số hướng dẫn chi tiết của Bộ Tài Chính về hóa đơn, chứng từ điện tử

Trên tinh thần các nội dung các quy định được điều chỉnh tại Nghị định 70/2025/NĐ-CP về hóa đơn chứng từ (“Nghị định 70”) mà ATA Legal Services đã cập nhật nội dung tới quý bạn đọc trước đó (Quý bạn đọc có thể tham khảo nội dung chi tiết Tại đây!), ngày 31/05/2025, Bộ Tài chính vừa mới ban hành Thông tư số 32/2025/TT-BTC (“Thông tư 32”) hướng dẫn thực hiện một số điều của luật quản lý thuế, nghị định số 123/2020/NĐ-CP của chính phủ quy định về hóa đơn, chứng từ, nghị định số 70/2025/NĐ-CP ngày 20 tháng 3 năm 2025 sửa đổi, bổ sung một số điều của nghị định số 123/2020/NĐ-CP, trong đó có một số nội dung đáng chú ý như sau:

1. Bãi bỏ yêu cầu về “quan hệ liên kết” trong hoạt động ủy nhiệm lập hóa đơn

Thông tư 32 chỉ yêu cầu bên nhận ủy nhiệm cần đáp ứng đủ điều kiện sử dụng hóa đơn điện tử và không thuộc trường hợp bị ngừng sử dụng hóa đơn điện tử theo quy định để thực hiện việc lập hóa đơn điện tử cho hoạt động bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ.

Quy định mới này cho phép mở rộng đối tượng có thể được ủy nhiệm lập hóa đơn điện tử, từ đó tạo điều kiện thuận lợi và linh hoạt hơn cho bên bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ trong việc lựa chọn đối tác lập hóa đơn điện tử mà không bị giới hạn bởi các ràng buộc về quan hệ liên kết như trước đây.

2. Hướng dẫn chi tiết các trường hợp bán hàng hóa, dịch vụ được lập hóa đơn điện tử theo kỳ quy ước

Tại điểm a Khoản 4 Điều 9 Nghị định 123/2020/NĐ-CP, sửa đổi bổ sung bởi Nghị định 70/2025/NĐ-CP, Chính phủ quy định về thời điểm lập hóa đơn điện tử đối với các trường hợp bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ với số lượng lớn, phát sinh thường xuyên, cần có thời gian đối soát số liệu giữa doanh nghiệp bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ và khách hàng, đối tác. Theo đó, bên cạnh các trường hợp được quy định tại Nghị định, Thông tư hướng dẫn chi tiết các trường hợp khác cũng được lập hóa đơn điện tử theo kỳ quy ước bao gồm: bán, cung cấp sản phẩm phái sinh theo quy định của pháp luật về các tổ chức tín dụng, pháp luật về chứng khoán và pháp luật về thương mại, quy định tại pháp luật thuế giá trị gia tăng, dịch vụ cung cấp suất ăn công nghiệp, dịch vụ của sở giao dịch hàng hóa, dịch vụ thông tin tín dụng, dịch vụ kinh doanh vận tải hành khách bằng xe taxi (đối với khách hàng là các doanh nghiệp, tổ chức).

3. Hướng dẫn chi tiết về các tiêu chí xác định người nộp thuế rủi ro cao về thuế trong đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử

Nghị định 70/2025/NĐ-CP quy định, những người nộp thuế rủi ro về thuế cao sẽ phải giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu theo yêu cầu của cơ quan thuế khi đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử.

Theo đó, Thông tư 32 hướng dẫn chi tiết các tiêu chí xác định người nộp thuế rủi ro về thuế cao để làm cơ sở xác định nghĩa vụ giải trình khi đăng ký sử dụng hóa đơn theo quy định. Cụ thể, người nộp thuế bị coi là rủi ro về thuế cao khi có một trong những dấu hiệu sau:

Người nộp thuế có chủ sở hữu hoặc người đại diện theo pháp luật, đại diện hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh hoặc chủ doanh nghiệp tư nhân đồng thời là chủ sở hữu hoặc người đại diện theo pháp luật, đại diện hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh hoặc chủ doanh nghiệp tư nhân có kết luận của cơ quan thẩm quyền có hành vi gian lận, mua bán hóa đơn trên cơ sở dữ liệu của cơ quan thuế.
Người nộp thuế có chủ sở hữu hoặc người đại diện theo pháp luật, đại diện hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh hoặc chủ doanh nghiệp tư nhân thuộc danh sách có giao dịch đáng ngờ, theo quy định của Luật Phòng, chống rửa tiền.
Người nộp thuế đăng ký địa chỉ trụ sở chính không có địa chỉ cụ thể theo địa giới hành chính hoặc đặt tại chung cư (không bao gồm chung cư được phép sử dụng cho mục đích kinh doanh theo quy định của pháp luật); hoặc địa điểm kinh doanh ngoài phạm vi cấp tỉnh/thành phố nơi doanh nghiệp đặt trụ sở chính/chi nhánh.
Người nộp thuế có người đại diện theo pháp luật hoặc chủ sở hữu đồng thời là người đại diện theo pháp luật hoặc chủ sở hữu của người nộp thuế ở trạng thái “Người nộp thuế ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn thành thủ tục chấm dứt mã số thuế” hoặc ở trạng thái “Người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký”, người nộp thuế có hành vi vi phạm về thuế, hóa đơn, chứng từ theo hướng dẫn của Bộ trưởng Bộ Tài chính.
Người nộp thuế có dấu hiệu rủi ro khác do cơ quan thuế xác định và có thông báo cho người nộp thuế được biết và giải trình.

4. Phương hướng giải quyết các trường hợp đăng ký hóa đơn, chứng từ theo quy định cũ

- Kể từ 01/06/2025, tổ chức khấu trừ thuế thu nhập cá nhân phải ngừng sử dụng chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân điện tử đã thực hiện theo các quy định trước đây và chuyển sang áp dụng chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân điện tử theo quy định tại Nghị định số 70/2025/NĐ-CP.

- Trường hợp doanh nghiệp có hoạt động bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ trực tiếp đến người tiêu dùng (trung tâm thương mại; siêu thị; bán lẻ (trừ ô tô, mô tô, xe máy và xe có động cơ khác); ăn uống; nhà hàng; khách sạn; dịch vụ vận tải hành khách, dịch vụ hỗ trợ trực tiếp cho vận tải đường bộ, dịch vụ nghệ thuật, vui chơi, giải trí, hoạt động chiếu phim, dịch vụ phục vụ cá nhân khác theo quy định về Hệ thống ngành kinh tế Việt Nam) đã đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử có mã, hóa đơn điện tử không có mã của cơ quan thuế phục vụ hoạt động bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ trực tiếp đến người tiêu dùng nêu trên trước ngày 01/6/2025 thì được lựa chọn hoặc chuyển đổi áp dụng hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền theo quy định tại Nghị định 70/2025/NĐ-CP hoặc tiếp tục sử dụng hóa đơn điện tử đã đăng ký sử dụng với cơ quan thuế.

Thông tư 32 có hiệu lực kể từ ngày 01/06/2025 và thay thế Thông tư số 78/2021/TT-BTC ngày 17/9/2021 của Bộ Tài chính./.

Bài viết được tổng hợp từ chuỗi Bản tin cập nhật Văn bản pháp lý của Công ty Luật TNHH Toàn Cầu ATA (ATA Legal Services). Chi tiết thông tin bài viết, mời Quý Độc giả tham khảo tại website ATA Legal Services.

Luật sư Nguyễn Thị Ngọc Anh