Đề xuất loạt giải pháp cấp bách gỡ khó về thuế VAT cho ngành hàng chủ lực

Liên đoàn Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI) vừa có văn bản gửi Thủ tướng Chính phủ, tổng hợp những vướng mắc lớn của các hiệp hội ngành hàng chủ lực như thủy sản, cà phê – ca cao, hồ tiêu và cây gia vị, chăn nuôi, lương thực – thực phẩm, gỗ và lâm sản. Đồng thời đề xuất các giải pháp cấp bách nhằm gỡ khó cho các doanh nghiệp.

5 nhóm vướng mắc lớn

Ngày 9/10/2025 tại Hà Nội, VCCI đã tổ chức hội nghị đối thoại khẩn cấp với hơn 300 đại biểu từ các hiệp hội ngành hàng chủ lực như thủy sản, cà phê - ca cao, hồ tiêu, gỗ và lâm sản... để lắng nghe những khó khăn phát sinh từ Luật Thuế giá trị gia tăng (GTGT) số 48/2024/QH15.

Trên cơ sở đó, VCCI đã tổng hợp 5 nhóm vấn đề lớn đang gây ảnh hưởng nghiêm trọng đến "sức khỏe" của ngành nông nghiệp Việt Nam.

Thứ nhất, thuế suất 5% với nông sản sơ chế chưa hợp lý.

Theo quy định mới, các sản phẩm nông, lâm, thủy sản "chỉ qua sơ chế thông thường" như cà phê, tiêu, tôm, cá... bị áp mức thuế suất 5%. Tuy nhiên, các doanh nghiệp cho rằng quy định này không phản ánh đúng bản chất của thuế GTGT. Quá trình sơ chế như bóc vỏ, phơi sấy gần như không tạo ra giá trị gia tăng đáng kể. Việc áp thuế 5% thực chất là đánh thuế trên toàn bộ giá trị hàng hóa, không phải trên phần giá trị tăng thêm.

Các hiệp hội ngành hàng chủ lực phản ánh nhiều vướng mắc lớn đang phát sinh trên thực tế khi áp dụng Luật Thuế GTGT.

Cơ chế "thu trước - hoàn sau" đang đẩy doanh nghiệp vào tình thế khó khăn tài chính nghiêm trọng. Với biên lợi nhuận mỏng (chỉ 1-3%), các doanh nghiệp phải ứng trước một lượng vốn khổng lồ cho nhà nước. Ngành cà phê ước tính phải tạm nộp gần 10.000 tỷ đồng mỗi năm, trong khi ngành hồ tiêu phải "gánh" tới 85 triệu USD.

"Điều này không chỉ làm cạn kiệt dòng tiền mà còn đẩy giá thành xuất khẩu lên cao, khiến nông sản Việt Nam mất lợi thế cạnh tranh so với các đối thủ lớn như Brazil, Indonesia, Ấn Độ – những quốc gia áp dụng thuế suất 0% hoặc miễn thuế cho mặt hàng tương tự", VCCI nêu.

Thứ hai, thiếu thống nhất về thuế với nguyên liệu sản xuất thức ăn chăn nuôi.

Mặc dù luật quy định thức ăn chăn nuôi là đối tượng không chịu thuế, nhiều cơ quan thuế địa phương lại áp thuế 5% cho các nguyên liệu đầu vào như ngô, cám gạo, bột cá ở khâu thương mại. Cách hiểu thiếu thống nhất này đã làm tăng chi phí sản xuất, khiến thức ăn chăn nuôi nội địa gặp bất lợi khi cạnh tranh với hàng nhập khẩu (không chịu thuế GTGT) và làm giảm sức tiêu thụ nông sản trong nước.

Thứ ba, thủ tục hoàn thế "gian nan"

VCCI cho rằng, thủ tục hoàn thuế GTGT đang trở thành một "cửa ải" đầy rủi ro. Doanh nghiệp phản ánh quy trình kéo dài nhiều tháng, thậm chí bị từ chối hoàn thuế vì những lý do nằm ngoài tầm kiểm soát.

Đặc biệt, quy định mới yêu cầu bên bán phải "kê khai và nộp thuế" thì bên mua mới được hoàn thuế là một điểm bất hợp lý nghiêm trọng. Quy định này đã vô tình chuyển trách nhiệm của nhà cung cấp và cơ quan thuế sang cho doanh nghiệp "ngay tình" – những đơn vị đã hoàn thành đầy đủ nghĩa vụ của mình.

Bên cạnh đó, việc khống chế mức hoàn thuế không vượt quá 10% doanh thu xuất khẩu trong kỳ không phù hợp với đặc thù mùa vụ của ngành nông nghiệp. Doanh nghiệp thường phải thu mua nguyên liệu tập trung đầu vụ nhưng xuất khẩu dàn trải, dẫn đến phần lớn thuế đầu vào không được hoàn đủ, ảnh hưởng trực tiếp đến khả năng thanh toán và thu mua nông sản từ nông dân.

Thứ tư, thiếu công cụ pháp lý phù hợp với quy mô sản xuất hộ cá thể.

Phần lớn nguyên liệu nông sản đến từ các hộ nông dân nhỏ lẻ, những người không có chức năng xuất hóa đơn VAT. Điều này tạo ra một "điểm mù" pháp lý, khiến doanh nghiệp gặp khó khăn trong việc chứng minh nguồn gốc đầu vào để được khấu trừ thuế. Yêu cầu truy xuất nguồn gốc đến từng hộ dân là gần như không khả thi.

Thêm vào đó, các doanh nghiệp xuất khẩu qua sàn thương mại điện tử như Amazon, Alibaba cũng đang "mắc kẹt" trong việc hoàn thuế do thiếu các chứng từ truyền thống. Việc chưa công nhận dữ liệu số và hóa đơn điện tử đang cản trở sự phát triển của một kênh xuất khẩu đầy tiềm năng.

Thứ năm, rủi ro liên đới và xử phạt bất cập

Nhiều doanh nghiệp đang phải chịu trách nhiệm liên đới khi nhà cung cấp gian lận hóa đơn. Dù đã thanh toán đầy đủ và có chứng từ hợp pháp, họ vẫn bị truy thu thuế, ảnh hưởng nghiêm trọng đến uy tín quốc tế, đặc biệt khi các thị trường khó tính như EU ngày càng siết chặt yêu cầu về minh bạch chuỗi cung ứng (EUDR).

Ngoài ra, mức xử phạt hành chính từ 5-8 triệu đồng cho các sai sót nhỏ, mang tính kỹ thuật đang tạo ra áp lực không cần thiết, đặc biệt với các doanh nghiệp nhỏ và hộ kinh doanh mới chuyển đổi.

Cần giải pháp cấp bách từ Chính phủ

Trước những thách thức trên, VCCI đã đưa ra 6 kiến nghị cấp bách gửi tới Thủ tướng Chính phủ.

Một là khôi phục quy định "không phải kê khai, tính thuế" đối với nông sản sơ chế để tháo gỡ gánh nặng tài chính cho doanh nghiệp.

Hai là cải cách thủ tục hoàn thuế theo hướng tự động hóa, số hóa và liên thông dữ liệu giữa các cơ quan.

Ba là loại bỏ điều kiện "nhà cung cấp phải nộp thuế" để tránh chuyển giao rủi ro bất hợp lý cho doanh nghiệp.

Bốn là cho phép sử dụng bảng kê mua hàng không hóa đơn làm chứng từ hợp lệ khi giao dịch với hộ nông dân.

Năm là công nhận chứng từ điện tử và dữ liệu số trong hoàn thuế cho hoạt động thương mại điện tử.

Sáu là rà soát lại hệ thống xử phạt, áp dụng cơ chế khoan hồng cho các sai sót nhỏ, lần đầu để khuyến khích tinh thần tuân thủ tự nguyện.

VCCI tin rằng, những điều chỉnh kịp thời này sẽ giúp ngành nông nghiệp vượt qua khó khăn, bảo vệ chuỗi cung ứng và giữ vững vị thế trên thị trường quốc tế, góp phần vào sự phát triển bền vững của kinh tế Việt Nam.

Minh Thu